Можно ли для одного приложения 1С создать несколько веб-сайтов?

Да, можно. Количество не ограничено. Каждому веб-сайту соответствует свой файл описания (*.dP), который вы должны сохранить в удобном для вас месте.

Для создания нового сайта воспользуйтесь меню:

В качестве примера использования нескольких сайтов для одного приложения (1С:Управление торговлей) смотрите демонстрационные сайты:  

demout.dotprice.ru, demo-tech.dotprice.ru, demo-shoes.dotprice.ru, tdk.dotprice.ru, demout1.dotprice.ru, demout2.dotprice.ru, demout3.dotprice.ru, demout4.dotprice.ru, demout5.dotprice.ru